一种改进的小非编码RNA cDNA文库构建方法

An improved method of sncRNA cDNA library construction

作者：杜光石(四川大学生命科学学院功能基因组实验室)；罗发涛(四川大学生命科学学院功能基因组实验室)；肖燕(四川大学生命科学学院功能基因组实验室)；陈红军(四川大学生命科学学院功能基因组实验室)；吴传芳(四川大学生命科学学院功能基因组实验室)

Author：DU Guang-Shi(Department of Functional Genome, College of Life Science, Sichuan University)；LUO Fa-Tao(Department of Functional Genome, College of Life Science, Sichuan University)；XIAO Yan(Department of Functional Genome, College of Life Science, Sichuan University)；CHEN Hong-Jun(Department of Functional Genome, College of Life Science, Sichuan University)；WU Chuan-Fang(Department of Functional Genome, College of Life Science, Sichuan University)

收稿日期：2016-03-15          年卷（期）页码：2017,54(3):653-657

期刊名称：四川大学学报: 自然科学版

Journal Name：Journal of Sichuan University (Natural Science Edition)

关键字：sncRNA; cDNA文库; poly(A); RNA反义链纯化（RAP）

Key words：sncRNA；cDNA library；poly(A)；RAP

基金项目：国家自然科学基金项目 (31371325)

中文摘要

小非编码RNA（small noncoding RNA, sncRNA）是一类长度小于200个核苷酸且缺乏蛋白质编码能力的RNA. 随着对miRNA、piRNA等sncRNA的深入研究，人们逐渐认识到sncRNA在基因表达调控、可变剪接、细胞生长、分化、增殖、凋亡与疾病等方面发挥着重要作用. 构建sncRNA cDNA文库是获取和研究sncRNA的主要途径. 目前， sncRNA cDNA文库构建试剂盒价格昂贵，因此，本研究对sncRNA cDNA文库构建方法进行改进: (1)使用RNA Antisense Purification (RAP)技术富集纯化sncRNA，有效去除了5S、5.8S rRNA. (2)使用Tobacco Acid Pyrophosphatase(TAP) 和RNA 5′ Polyphosphatase处理sncRNA，将5′-端为非单磷酸结构的sncRNA转变成单磷酸结构，增加了文库覆盖率. (3)在sncRNA 3′-端添加poly(A)尾结构以及使用oligo(dT)16VN-adapter锚定引物进行逆转录，间接解决了sncRNA 3′-端接头定向连接问题，不再使用价格昂贵的腺苷化接头. 使用这种成本低且行之有效的改进方法，最终可以得到完整的sncRNA cDNA序列，为深入研究sncRNA奠定了基础.

英文摘要

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